Если взять французское слово malabsorption, приставка mal в нем обозначает плохой, то есть название синдрома указывает на нарушение функции всасывания питательных веществ. По-другому синдром называется «Синдром протекания кишечника». Тонкий кишечник действует как избирательное сито, позволяя проходить в кровеносное русло только расщепленным продуктам пищеварения. Более крупные по размеру белки, углеводы и жиры не пропускаются системой, и только аминокислоты и пептиды из белков, молекулы простых или сложных Сахаров из углеводов и небольшие цепи жирных кислот из жиров проходят барьер и поступают в кровеносное русло. Все, что крупнее по размеру, определяется организмом как инородная частица, и в этом случае запускается иммунная реакция. При мальабсорбционном синдроме механизм просеивания перестает действовать. Происходит абсорбция не полностью переваренной пищи. В свою очередь, организм реагирует на это событие аллергией или иммунным ответом, и, если это состояние не лечить, то организм будет атаковать основные питательные вещества, принимая их за бактерии или вирусы.

Причиной синдрома протекания кишечника может быть что угодно: любая пища, вызывающая воспаление кишечника, паразит, грибок, дрожжи, бактерии или вирусы, использование антибиотиков, губительно действующих на естественную флору кишечника, химические токсины, такие как пестициды, консерванты, пищевые добавки и даже стресс, во время которого вырабатывается адреналин, сокращающий поступление кислорода в ткани путем снижения кровотока. Все это приводит к ухудшению состояния кишечника. Абсорбция не полностью переваренной пищи и есть мальабсорбция. Этот синдром необходимо учитывать при всех заболеваниях, которые не поддаются лечению.

Этот синдром отвечает за большинство аллергических реакций, связанных с пищей, которые могут изменить состояние организма буквально за несколько дней, так как новые непереваренные молекулы абсорбируются и попадают в кровяное русло.